Moleküler Modelleme

Moleküler modellemede sistemin enerjisini belirleyen unsurlar yalnızca bağlar, açılar ve torsiyonlar gibi bağlı etkileşimler ile sınırlı değildir. Atomlar, doğrudan kovalent bağlarla birbirine bağlı olmasalar bile bağlı olmayan etkileşimler (nonbonded interactions) aracılığıyla da birbirlerini etkiler. Bu etkileşimler, özellikle moleküllerin katlanması, kararlılığı, bağlanma afinitesi ve faz davranışları gibi birçok fiziksel ve biyolojik sürecin temelinde yer almaktadır.

Moleküler modelleme, atomlar arası etkileşimleri sayısal olarak tanımlayarak doğadaki fiziksel süreçleri bilgisayar ortamında canlandırmayı amaçlamaktadır. Bu sürecin temel yapı taşlarından biri olan kuvvet alanları (force fields), atomların birbirleriyle nasıl etkileştiğini belirleyen matematiksel fonksiyonlar ve parametrik sabitler bütünüdür. Kuvvet alanları sayesinde moleküllerin geometrisi optimize edilir.

Moleküler modelleme çalışmalarında bir yapıya ait fiziksel davranışların, gerçeğe yakın bir şekilde yansıtabilmesi için ilk adım yapının...

Potansiyel Enerji Yüzeyi Nedir? Potansiyel enerji yüzeyi (PES), bir moleküler sistemdeki tüm atomların uzaydaki konumlarına karşılık...

Moleküllerin üç boyutlu yapısı, kimyasal ve biyolojik özelliklerini belirleyen en önemli faktörlerden biridir. Moleküler geometri,...

Moleküler Modelleme Nedir? Moleküler modelleme, atomların ve moleküllerin fiziksel ve kimyasal özelliklerini anlamak, tahmin etmek,...