Rehberler

SwissTargetPrediction, 2014'ten beri çevrimiçi olan ve küçük moleküllerin en olası protein hedeflerini tahmin etmeyi amaçlayan bir web aracıdır. Tahminler, tersine tarama yoluyla benzerlik prensibine dayanmaktadır.

Moleküler yerleştirme (docking), bir ligandın hedef proteine ait bağlanma bölgesine nasıl ve ne kadar güçlü bir şekilde bağlandığını tahmin etmek için kullanılan bir in silico yöntemdir. İlaç keşfi ve ilaç tasarımında yaygın olarak kullanılmaktadır.

Packmol, molekülleri tanımlanmış uzay bölgelerine paketleyerek moleküler dinamik simülasyonları için başlangıç konfigürasyonları oluşturmaya olanak tanımaktadır. Moleküllere ya da atomlarına uygulanabilen çeşitli uzamsal kısıtlamalar sayesinde; katmanlı, küresel ya da tübüler lipid yapıları gibi düzenli sistemlerin oluşturulması kolaylaşır.

Bu rehberde, proteinlerin üç boyutlu yapılarının tahmini için kullanılan homoloji modelleme yönteminin temel prensipleri ve SWISS-MODEL aracı üzerinden uygulama adımları ele alınmıştır. SWISS-MODEL’in sunduğu iş akışı; hedef protein dizisinin girilmesinden uygun şablonların seçilmesine, modelin inşa edilmesinden kalite değerlendirmesine kadar beş temel adımda açıklanmıştır.

BIOVIA Discovery Studio Visualizer, moleküler yapıları görselleştirme ve analiz etme imkanı sunan yazılımın Linux (Ubuntu) işletim sistemlerine kurulumu için hazırlanmış kapsamlı bir rehber. Bu rehberde, gerekli paketlerin kurulumu, yazılımın indirilmesi, lisanslama işlemleri ve masaüstüne simge ekleme adımları detaylı olarak anlatılmaktadır.

In silico toksisite modelleri, kimyasalların toksik etkilerini tahmin etmeye yönelik mevcut in vitro toksisite yöntemlerini desteklemeyi...

AlphaFold2, protein yapısı tahmininde çığır açan bir gelişme olup yapay zekanın (AI) bilim alanına en büyük katkılarından biri ve 21....

Avogadro programı, hesaplamalı kimya, moleküler modelleme, biyoinformatik ve malzeme bilimi gibi alanlarda kullanılmak üzere...

SwissSimilarity, kimyasal moleküllerin özelliklerini karşılaştırarak benzerlik analizi yapmaya olanak tanıyan, kullanıcı dostu bir web...

ProtParam, protein yapıları ve dizileri üzerinde çeşitli biyokimyasal parametrelerin hesaplanmasını sağlayan güçlü bir web aracıdır. Bu...

PeptideCutter web aracı, proteazların veya çeşitli kimyasalların protein dizisindeki kesim (cleavage) yerlerini tahmin etmeye yardımcı...