Emre Can Buluz

Moleküler dinamik (MD) simülasyonları, atomik düzeyde yapı–dinamik–fonksiyon ilişkilerini anlamada güçlü bir hesaplamalı araçtır ancak özellikle büyük biyomoleküler sistemlerde uzun zaman ölçeklerine ulaşmak ciddi hesaplama maliyetleri doğurmaktadır. Bu nedenle, klasik MD’nin temelini oluşturan hareket denklemlerinin sayısal entegrasyonundan kuvvet hesaplamalarının optimize edilmesine kadar pek çok “hız algoritması” geliştirilmiştir.

SwissTargetPrediction, 2014'ten beri çevrimiçi olan ve küçük moleküllerin en olası protein hedeflerini tahmin etmeyi amaçlayan bir web aracıdır. Tahminler, tersine tarama yoluyla benzerlik prensibine dayanmaktadır.

Moleküler modellemede sistemin enerjisini belirleyen unsurlar yalnızca bağlar, açılar ve torsiyonlar gibi bağlı etkileşimler ile sınırlı değildir. Atomlar, doğrudan kovalent bağlarla birbirine bağlı olmasalar bile bağlı olmayan etkileşimler (nonbonded interactions) aracılığıyla da birbirlerini etkiler. Bu etkileşimler, özellikle moleküllerin katlanması, kararlılığı, bağlanma afinitesi ve faz davranışları gibi birçok fiziksel ve biyolojik sürecin temelinde yer almaktadır.