Tüm Yazılar

SwissTargetPrediction, 2014'ten beri çevrimiçi olan ve küçük moleküllerin en olası protein hedeflerini tahmin etmeyi amaçlayan bir web aracıdır. Tahminler, tersine tarama yoluyla benzerlik prensibine dayanmaktadır.

Modern kuantum kimyasının nihai hedeflerinden biri, atom ve moleküllerin elektronik yapısını ve özelliklerini temel fiziksel prensiplerden yola çıkarak tanımlayan Schrödinger denklemini çözmektir. Bu ab initio yaklaşım, deneysel verilere dayanmadan teorik öngörülerde bulunma gücü sunmaktadır.

Moleküler yerleştirme (docking), bir ligandın hedef proteine ait bağlanma bölgesine nasıl ve ne kadar güçlü bir şekilde bağlandığını tahmin etmek için kullanılan bir in silico yöntemdir. İlaç keşfi ve ilaç tasarımında yaygın olarak kullanılmaktadır.

Genom, organizmalarda kalıtımın temelini oluşturan yapıdır. Genomik bilgi, organizma hakkında sunulan bir kütüphane gibidir. Hücrelerin büyüme, gelişme, metabolizma gibi temel biyolojik işlevlerini yönlendirmesinin yanı sıra kodlanmayan DNA bölgeleri, regülatör bölgeleri ve tekrarlayan dizileri de içermektedir.

Moleküler modellemede sistemin enerjisini belirleyen unsurlar yalnızca bağlar, açılar ve torsiyonlar gibi bağlı etkileşimler ile sınırlı değildir. Atomlar, doğrudan kovalent bağlarla birbirine bağlı olmasalar bile bağlı olmayan etkileşimler (nonbonded interactions) aracılığıyla da birbirlerini etkiler. Bu etkileşimler, özellikle moleküllerin katlanması, kararlılığı, bağlanma afinitesi ve faz davranışları gibi birçok fiziksel ve biyolojik sürecin temelinde yer almaktadır.