Tüm Yazılar

ORCA, Prof. Frank Neese'nin grubu tarafından geliştirilen güçlü ve çok yönlü bir kuantum kimyası yazılım paketidir. ORCA programı akademik kullanım için ücretsizdir.

İlaç geliştirme sürecinde bir molekülün biyolojik aktivitesi kadar farmakokinetik özellikleri de kritik öneme sahiptir. Potansiyel bir ilaç adayının vücutta nasıl davranacağını, hedef bölgeye yeterli konsantrasyonda ulaşıp ulaşamayacağını ve ne kadar süre biyoaktif formda kalacağını anlamak, başarılı bir ilaç geliştirme sürecinin temel taşlarından biridir.

AMBER, biyomoleküler simülasyonları gerçekleştirmeyi sağlayan yazılım paketinin adıdır. AMBER programının geliştirilmesi 1970'lerin sonlarında başlamıştır. AMBER, başlangıçta Peter Kollman'ın liderliğinde geliştirilmiş olup programın geliştirilme süreci şu anda aktif bir topluluk tarafından devam ettirilmektedir. "AMBER" teriminin iki anlamı bulunmaktadır.

Moleküler dinamik (MD) simülasyonları, atomik düzeyde yapı–dinamik–fonksiyon ilişkilerini anlamada güçlü bir hesaplamalı araçtır ancak özellikle büyük biyomoleküler sistemlerde uzun zaman ölçeklerine ulaşmak ciddi hesaplama maliyetleri doğurmaktadır. Bu nedenle, klasik MD’nin temelini oluşturan hareket denklemlerinin sayısal entegrasyonundan kuvvet hesaplamalarının optimize edilmesine kadar pek çok “hız algoritması” geliştirilmiştir.

Mikroskobik sistemlerin davranışlarını in silico yöntemlerle incelerken sistemin hangi fiziksel koşullar altında evrildiğini belirlemek oldukça önemlidir. İzole bir sistemde enerji korunurken (mikrokanonik topluluk), gerçek deneysel koşullar genellikle dış ortamla ısı ve iş alışverişine açıktır.