Tüm Yazılar

Son yüzyılda biyoloji ve moleküler genetik bilimlerinin inanılmaz derecede ilerlemesi ve gelişmesiyle beraber azımsanmayacak düzeyde genetik veri elde edilmiş ve biriktirilmiştir. Bununla birlikte teknolojinin de gelişmesiyle bu yüksek miktardaki genetik verilerin hem işlenmesini hem de depolayarak farklı kullanıcıların bu verileri kullanılmasına olanak sağlayan bir interdisipliner bilim dalı haline gelmiştir

Moleküler modelleme çalışmalarında bir yapıya ait fiziksel davranışların, gerçeğe yakın bir şekilde yansıtabilmesi için ilk adım yapının...

Packmol, molekülleri tanımlanmış uzay bölgelerine paketleyerek moleküler dinamik simülasyonları için başlangıç konfigürasyonları oluşturmaya olanak tanımaktadır. Moleküllere ya da atomlarına uygulanabilen çeşitli uzamsal kısıtlamalar sayesinde; katmanlı, küresel ya da tübüler lipid yapıları gibi düzenli sistemlerin oluşturulması kolaylaşır.

Kimyasal bileşiklerin dijital ortamda tanımlanması, modern kimya, biyoinformatik ve ilaç keşfi çalışmalarının temel taşlarından biridir. Bu amaçla geliştirilen SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System), InChI (International Chemical Identifier) ve diğer moleküler tanımlayıcı sistemler, moleküllerin yapısal bilgilerini metin formatında ifade etmeye olanak tanımaktadır.

Genomik veri analiz süreci; ham dizileme verilerinin kalite kontrolünden başlayarak hizalama, varyant analizi, fonksiyonel yorumlama ve raporlamaya kadar ilerleyen çok aşamalı bir yaklaşımdır. Bu yazıda, kullanılan araçlar, dosya formatları ve biyolojik soruların veriye nasıl dönüştüğü adım adım açıklanmaktadır.