Tüm Yazılar

Packmol, molekülleri tanımlanmış uzay bölgelerine paketleyerek moleküler dinamik simülasyonları için başlangıç konfigürasyonları oluşturmaya olanak tanımaktadır. Moleküllere ya da atomlarına uygulanabilen çeşitli uzamsal kısıtlamalar sayesinde; katmanlı, küresel ya da tübüler lipid yapıları gibi düzenli sistemlerin oluşturulması kolaylaşır.

Kimyasal bileşiklerin dijital ortamda tanımlanması, modern kimya, biyoinformatik ve ilaç keşfi çalışmalarının temel taşlarından biridir. Bu amaçla geliştirilen SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System), InChI (International Chemical Identifier) ve diğer moleküler tanımlayıcı sistemler, moleküllerin yapısal bilgilerini metin formatında ifade etmeye olanak tanımaktadır.

Genomik veri analiz süreci; ham dizileme verilerinin kalite kontrolünden başlayarak hizalama, varyant analizi, fonksiyonel yorumlama ve raporlamaya kadar ilerleyen çok aşamalı bir yaklaşımdır. Bu yazıda, kullanılan araçlar, dosya formatları ve biyolojik soruların veriye nasıl dönüştüğü adım adım açıklanmaktadır.

Potansiyel Enerji Yüzeyi Nedir? Potansiyel enerji yüzeyi (PES), bir moleküler sistemdeki tüm atomların uzaydaki konumlarına karşılık...

Bu rehberde, proteinlerin üç boyutlu yapılarının tahmini için kullanılan homoloji modelleme yönteminin temel prensipleri ve SWISS-MODEL aracı üzerinden uygulama adımları ele alınmıştır. SWISS-MODEL’in sunduğu iş akışı; hedef protein dizisinin girilmesinden uygun şablonların seçilmesine, modelin inşa edilmesinden kalite değerlendirmesine kadar beş temel adımda açıklanmıştır.