Tüm Yazılar

Genomik veri analiz süreci; ham dizileme verilerinin kalite kontrolünden başlayarak hizalama, varyant analizi, fonksiyonel yorumlama ve raporlamaya kadar ilerleyen çok aşamalı bir yaklaşımdır. Bu yazıda, kullanılan araçlar, dosya formatları ve biyolojik soruların veriye nasıl dönüştüğü adım adım açıklanmaktadır.

Potansiyel Enerji Yüzeyi Nedir? Potansiyel enerji yüzeyi (PES), bir moleküler sistemdeki tüm atomların uzaydaki konumlarına karşılık...

Bu rehberde, proteinlerin üç boyutlu yapılarının tahmini için kullanılan homoloji modelleme yönteminin temel prensipleri ve SWISS-MODEL aracı üzerinden uygulama adımları ele alınmıştır. SWISS-MODEL’in sunduğu iş akışı; hedef protein dizisinin girilmesinden uygun şablonların seçilmesine, modelin inşa edilmesinden kalite değerlendirmesine kadar beş temel adımda açıklanmıştır.

BIOVIA Discovery Studio Visualizer, moleküler yapıları görselleştirme ve analiz etme imkanı sunan yazılımın Linux (Ubuntu) işletim sistemlerine kurulumu için hazırlanmış kapsamlı bir rehber. Bu rehberde, gerekli paketlerin kurulumu, yazılımın indirilmesi, lisanslama işlemleri ve masaüstüne simge ekleme adımları detaylı olarak anlatılmaktadır.

Genomik veritabanları nelerdir, ne işe yararlar? Bu yazıda NCBI, Ensembl, ClinVar, GTEx, OMIM gibi en çok kullanılan genomik veritabanlarını karşılaştırmalı olarak ele alıyor; sundukları veri türlerini, erişim yollarını ve kullanım amaçlarını açıklıyoruz.