Yağmur Çavaş

Bilgisayar tabanlı moleküler dinamik (MD) simülasyonları, klasik hareket kurallarını kullanarak biyolojik sistemlerde yer alan atom ve moleküllerin zaman içerisindeki hareketlerini inceler. 1950'lerden beri moleküler simülasyonlar; yoğun madde sistemlerindeki sorunları çözmek çözmek amacıyla kullanılmaktadır.

Moleküler yerleştirme (docking), bir ligandın hedef proteine ait bağlanma bölgesine nasıl ve ne kadar güçlü bir şekilde bağlandığını tahmin etmek için kullanılan bir in silico yöntemdir. İlaç keşfi ve ilaç tasarımında yaygın olarak kullanılmaktadır.